หลังจากภารกิจหยุดยั้งขีปนาวุธนิวเคลียร์ในดูไบดำเนินไปสำเร็จ และ อีธาน ฮันต์ สามารถหลุดพ้นจากการตกเป็นผู้ต้องหาวางระเบิดในรัสเซียจาก ภาคที่แล้ว มาภาคนี้ หน่วย ไอเอ็มเอฟ (IMF) ถึงการต้องถูกยุบ พร้อมกับการหายตัวไปของ อีธาน ฮันต์ เพื่อหลบหนีจากการตามล่าจากกองค์กรลับนาม ซินดิเคต (Syndicate) -Mission-Impossible—Rogue-Nation-(5) ขณะเดียวกัน ฮันต์ ก็ต้องตามสืบหาร่องรอยของผู้ที่ตามล่าที่แม้แต่หน่วยข่าวกรองอย่าง CIA เองก็ยังไม่สามารถที่จะหาข้อมูล จนกระทั่งเขาพบว่า องค์กรโฉดที่ว่านี้ก็ถูกฝึกมาเช่นเดียวกับหน่วย IMF ของพวกเขา เพียงแต่ว่ามีเป้าหมายที่ต่างกัน เพราะเป้าหมายของ Syndicate ก็คือ การทำลาย IMF -Mission-Impossible—Rogue-Nation-(4) ศัตรูของเหล่าสายลับ IMF ได้ปรากฏตัวขึ้นแล้ว ทางเดียวที่ ฮันต์และเพื่อนร่วมทีมจะสามารถเอาชนะได้ คือ การร่วมมือกันและทุ่มสุดตัว เพราะนี่อาจเป็นภาระกิจสุดท้ายของพวกเขาหากทุกอย่างสายเกินไป